水上神社（みずかみじんじゃ）の御祭神は
　　上津綿津美神（うわつわたつみのかみ）（女神）・上筒男神（うわつつのおのかみ）（男神）
の二柱の神様でいずれも海神です。
　何故、山中の神社で海神をお祭りしているのか定かな起源や由緒は不明ですが、古代の海洋豪族と関係があったと考えられます。
　また、当社の鎮座する西田（にした）の里には「ヨズクハデ」という四角錐型をした独特の稲の干し方が伝承されており、これをお伝えになったのが当社のご祭神であると言われています。伝説によれば、悠久の昔、温泉津町の日祖（ひそ）の海岸に上陸された神様は、野山を越え、飯原（はんばら）を通られ西田の里、水上山の麓へ鎮座され、このルートが氏子地域やヨズクハデを作る地域と一致します。

　境内には東照宮をお祀りしています。